בצה"ל מותחים ביקורת חריפה על החוק לביטול מעצרי עריקים. גורמים צבאיים מצביעים על שבר ערכי
ומתרעמים על המהלכים החקיקתיים בנוגע לעריקים חרדים, ומזהירים כי החוק המוביל לביטול המעצרים כולל השלכות אסטרטגיות מסוכנות שיפגעו בתהליכי הגיוס לצה"ל ויחריפו את האי שיוויון בנטל.
גורם בכיר בצה"ל אמר בפורום סגור כי מדובר במהלך שיוצר "איבוד הרתעה" כנגד משתמטים ופוגע במנופי הלחץ הקריטיים של המדינה כנגדם. לדברי הגורם, ההשלכות של המהלך הן ישירות וברורות: "הם יכולים להשתמט מבלי שהם יעצרו. מה לא ברור? הפערים בחברה הישראלית יגדלו".
הביקורת המרכזית בצה"ל מתמקדת בכך שהביטול אינו מיושם באופן שוויוני, דבר שיוצר אפליה מובנית מול המשרתים האחרים. "יש פה שאלות שבשלב הזה הצבא לא יודע להגיד מה יקרה, מה יהיה עתידם של המשתמטים החילונים? אם הם יגישו עתירה לבג"ץ, מה יהיה אז? זה חוסר שוויון שוויוניות בחברה".
