בנוסף, הרמטכ"ל מתנגד להקמת ועדה בצה"ל, המורכבת משלושה קצינים, שהיא זו שתהיה מוסמכת לבחון את מעמדם של תלמידי הישיבות ולאשר עבורם מעמד של "בן ישיבה" לצורך החוק, זאת מכיוון שהדבר יוביל לפגיעה בלגיטימציה ובאמון המשרתים. כמו כן טען שאין לצה"ל כל יתרון מקצועי על פני ועדה אזרחית. בנוסף טען כי הקמת הוועדה תגרום להסטת קשב ומשאבים בעיצומה של מלחמה.
ישיבה תיכלל ברשימת הישיבות אם מנהל הישיבה או מי שהוסמך לכך מטעמו הצהיר כי מתקיימים בה לימודים תורניים, באופן סדיר, בהיקף שלא יפחת מ- 45 שעות בשבוע, ובכולל מ- 40 שעות בשבוע. שר הביטחון יקבע את אמות המידה לתנאים להסרת ישיבה מרשימת הישיבות באישור ועדת חוץ וביטחון.
לשם פיקוח על הוראות פרק זה, שר הביטחון ייתן הנחיותיו בנושא ויסמיך בודקים, לשם כך יוכל להיעזר בבודקים בעלי ניסיון בבקרות שטח של משרד החינוך שיועדו בעבר לתמיכה בישיבות; שר הביטחון רשאי להסתייע במנגנון הביקורות של משרד החינוך.
