החוק לדבריהם יפגע במרחב הסטודנטיאלי והציבורי. על פי נוסח ההצעה במוסדות שיוגדרו כ"מוסדות נפרדים" ניתן יהיה להרחיב את ההפרדה המגדרית מעבר לכיתות הלימוד גם למרחבים ציבוריים משותפים, ובהם ספריות, קפיטריות, חצרות, מסדרונות ומרחבים נוספים. זאת, מבלי שהחוק מגדיר באופן ברור מה הם אותם "מוסדות נפרדים" ועל אילו מוסדות תחול ההגדרה. עמימות זו עלולה לאפשר הרחבה משמעותית של ההפרדה המגדרית מעבר למטרה שלשמה נקבע החריג מלכתחילה. הרחבת החריג באופן כה משמעותי עלולה להוות נטל תקציבי משמעותי ולנרמל הפרדה מגדרית גם במרחבים ציבוריים נוספים וליצור תקדים בעל השלכות רחבות על החברה הישראלית.
באגודת הסטודנטים של אוניברסיטת בן גוריון אומרים עוד, כי הוא צפוי לגרום פגיעה בעקרון השוויון והדרת נשים. המשפט הישראלי הכיר לאורך השנים בכך שהפרדה מגדרית אינה הסדר ניטרלי, וכי "נפרד אינו שווה". עד כה התאפשרה הפרדה רק כחריג מצומצם ומוגבל, שנועד לתת מענה לצרכים ייחודיים, תוך צמצום הפגיעה בשוויון. הרחבת ההפרדה עלולה להביא להדרת נשים מהוראה במסלולים מסוימים, לצמצום אפשרויות התעסוקה והקידום שלהן כחברות סגל, מתרגלות ועוזרות הוראה, ובכך לפגוע בחופש העיסוק ובשוויון ההזדמנויות באקדמיה.
