ההחלטה של ג'ונס לקיים מסיבת עיתונאים ב-8 במאי 1992, בטרם הוגש דוח רשמי לרשויות העתיקות, הייתה נקודת מפנה שלילית. רשויות העתיקות, שהתנגדו מלכתחילה למתודולוגיה של ג'ונס, הגיבו בחריפות: רישיון החפירה בוטל, והממצאים סווגו על ידי גורמים מסוימים כ"אדמה רגילה". הקונפליקט בין ג'ונס, שראה את עצמו כמי שחושף אמת היסטורית ורוחנית, לבין הממסד האקדמי, שהתמקד בסטנדרטים של תיעוד ופיקוח, הפך למר ומתמשך, עד כדי התערבות משטרתית ב-1995.
הסיפור העצוב של הממצאים טמון בכישלון לשמר אותם במסגרת מוסדית. בעוד שהקטורת נחשבה בעיני אנשי הצוות כחפץ קדוש, היא הוחזקה במכולות מאולתרות בבתים פרטיים ואחר כך במקלט ביישוב מעלה לבונה. ללא רישום מסודר, וללא פיקוח מדעני רציף, החלו כמויות גדולות מהחומר להיעלם.
בעולם הארכאולוגיה, הדיון סביב הקטורת מקומראן נותר שדה מוקשים של דעות מנוגדות. בעוד המבקרים מצביעים על חוסר בתיעוד מסודר ועל אפשרות של שאריות תעשייתיות מהתקופה, המאמינים בדרכו של ג'ונס רואים בהם את העדות המוחשית ביותר שנותרה אי פעם לשירות המקדש. בין שמדובר בקטורת המקדש ובין שלא, הממצאים שנמצאו במערה נותרו עדות עוצמתית לכמיהה האנושית להחזיר אל פני השטח פיסות של עבר רחוק, שרבים רואים בו לא רק היסטוריה, אלא גם הבטחה לעתיד.
