בהודעת המשרד נטען כי ההחלטות אינן מעניקות משקל מספק לממצאים ההיסטוריים ולמציאות בשטח, וכי הן משקפות שימוש פוליטי במוסדות אונסק"ו. עוד נמסר כי ישראל רואה בהן מהלכים חד-צדדיים המערערים, לטענתה, את אמינות הארגון ואת תפקידו בהגנה על אתרי מורשת.
בהתייחס להחלטה בנושא סבסטיה, משרד החוץ הדגיש את חשיבותו ההיסטורית והמקראית של האתר, המזוהה עם שומרון העתיקה ועם בירת ממלכת ישראל. לטענת המשרד, הנוסח שאומץ אינו משקף באופן מלא את ההיסטוריה היהודית והנוצרית של המקום ואת הקשר ההיסטורי של העם היהודי לאזור.
במשרד החוץ התייחסו גם להחלטה הנוגעת למבצר הבופור בדרום לבנון. על פי ההודעה, חיזבאללה עשה במשך השנים שימוש צבאי באזור המבצר, לרבות חפירת מנהרות ושיגור רקטות, טילים וכלי טיס בלתי מאוישים לעבר ישראל. במשרד טענו כי ההחלטה מתעלמת מהשימוש הצבאי שנעשה באתר ומטילה את האחריות על ישראל, שפעלה לדבריה להגנת אזרחיה.
עוד מתח המשרד ביקורת על כך שההחלטות התקבלו ללא הצבעה, לאחר שיושב ראש ועדת אמנת המורשת לא אפשר לקיים אותה. לטענת ישראל, אופן קבלת ההחלטות מעורר שאלות בנוגע להליך המקצועי ולמידת הלגיטימיות שלו.
