בתום חקירה סמויה שנמשכה למעלה משנה, עברו היחידה המרכזית של מחוז ירושלים במשטרה ופקיד שומה חקירות מס הכנסה ירושלים והדרום לשלב הגלוי של פרשת "שובר תשלום". במסגרת הפעילות נעצרו שלושה חשודים, שלפי החשד עמדו בראש מנגנון פשיעה כלכלי רחב היקף שביצע עבירות של הלבנת הון, קבלת דבר במרמה ועבירות מס, בהיקף המוערך בכחצי מיליארד שקלים.
לפי ממצאי החקירה, החשודים הפעילו מערך מסועף של חברות ועמותות פיקטיביות בישראל ומחוצה לה, שבאמצעותו הולבנו כספים עבור חברות מקומיות, לצד הברחת כספים מחו"ל והעברתם לישראל. במשטרה וברשות המסים חושדים כי השיטה כללה קבלת מזומנים, הפצת חשבוניות כוזבות, הסתרת הכנסות והעברת כספים באמצעות חשבונות בנק של בני משפחה ותשלומי שוברים הקשורים לעסקאות נדל"ן – שהעניקו לפרשה את שמה.
עם המעבר לחקירה הגלויה, ב-14 ביולי פשטו הכוחות על בתיהם של 16 חשודים וביצעו מעצרים וחקירות משותפות במשרדי ימ"ר ירושלים ופקיד שומה חקירות מס הכנסה ירושלים והדרום. במהלך החיפושים נתפסו עשרות נכסים שלפי החשד נרכשו בכספים שמקורם בעבירות ובהשמטת הכנסות.