לאחר הגעת המפקדים מצה"ל וחברי כיתת הכוננות של חוות גלעד - האירוע האלים נמשך, ובמהלכו מספר מחבלים חטפו את נשקו של חבר כיתת הכוננות. בשלב זה מתפתח ירי בין הפלסטינים (עם הנשק הישראלי) לבין כוחות הצבא והמתיישבים. מהירי הזה נהרג מלט ז"ל. מפקד המחלקה שהוקפץ למקום חיסל מיד שניים מהמחבלים שמעורבים באירוע - ואחד מהם הוא היורה שאחז בנשק. 4 פלסטינים נהרגו סה"כ בחילופי האש, בצה"ל אומרים כי חלקם לפחות בוודאות היו מחבלים שמעורבים בחטיפת הנשק.
קצין בכיר בצה"ל שתחקר את האירועים אומר כי הוא לא מקבל את הטענות על חוסר חתירה למגע מצד המפקדים באירוע: "התנהלות הכוחות הייתה טובה, והתגובה הייתה מהירה מרגע שהגיעו החיילים. זה כוח מיומן שהתמודד עם אלימות וחיכוך במהלך טיול לא מתואם. הם חתרו למגע ופעלו למופת". באירוע פעלו מעט מאוד כוחות צה"ל שהספיקו להגיע למקום - בסך הכל מפקד פלוגה, מפקד מחלקה וחפ"ק המ"פ.
גם לאחר האירוע, בצה"ל עוד עסקו בהוצאת כלל היהודים מהכפר הפלסטיני ובחילוצם מהשטח. חלק מהמטיילים שנדרש לחלץ היו ילדים. צה"ל מעריך כי הפיגוע החל מהתארגנות "ספונטנית" של המחבלים שחטפו את הנשק, ולא היה מדובר באירוע מתוכנן. "בחודשים האחרונים יש עלייה גדולה מאוד של אירועי חיכוך כאלה", אומרים בצה"ל, "רובם בתוך הכפרים הפלסטיניים - בקו הראשון שלהם, במרחבים עם הרבה מאחזים וחוות".
